為進一步提升管理能力，促進戰略升級和業務升級，近期安能推動實施組織升級，推動從“以營銷規模導向為主的外延型增長”到“以利潤、品質為導向的內涵式增長”。
根據安能方面披露，其此次組織架構升級圍繞三方面展開：打造扁平化組織，確立總部授權，省區集權，一線執行的三級架構體系;重新定義大區，化小單元，劃大權力，打造效益導向型組織體系;拓寬激勵手段，實施動力牽引，設置超額利潤分享機制。
其中，以全面預算管理為總體原則，設置總部、省區、大區三級組織架構，使組織結構更加趨向扁平化：通過賦能區域，實現財權和人權充分下沉，讓各層級最高負責人對下轄各部門負責人有評價權、任免權、獎金分配權，以績效作為唯一的工作結果評價，根據各自區域經營結果的輸出“論功行賞”。省區各層級部門也改變過去矩陣式管理雙線匯報的機制，向省區總經理全面負責。
根據組織升級要求，各層級所轄的相關部門及崗位也根據權責對等的原則重新進行梳理，實現組織優化和閉環管理，其中在總部新成立一級部門審計監察本部，負責內部審計、舞弊監察、重大事件調查、流程梳理、會務管理及執行力推進等事宜。
根據新的組織架構，經營本部/省區下轄大區按功能劃分為三類大區，分別為經營型大區(快運大區)、運營型大區(分撥中心，樞紐-一級集散)、綜合型大區(分撥城市管理部)。并在運營型大區將成立品質部，整合原快運大區的客服模塊，品質部將具備倉管、統計、客服等多項職能，全面負責分撥的品質管理。品質部設立后，再加上原來的分撥職能，運營型大區形成完善的執行(裝卸+叉車)、售后(品質)、大腦(后勤)、支持(人事行政)等四大功能。
為進一步提升員工工作積極性，除設定明確的考核指標以外，安能還實施超額利潤分享機制，對省區關鍵崗位、經營型大區、運營型大區、綜合型大區給予額外的激勵，將收入/利潤超額部分或成本的節約部分，按既定提點比例提取獎金獎勵給相應部門。