運輸組織是貨運站的功能之一，是貨運站面對整個交通運輸的的貢獻。而運輸組織是指進行貨物運輸市場的管理和站內運力與貨流組織及管理。具體包括以下職能：
一、貨運生產組織管理。主要包括承運貨物的發送、中轉、到達等項作業，組織與其他運輸方式的換裝運輸和聯合運輸及貨物的裝卸、分發、保管、換裝作業，進行運力的調配和貨物的配載作業，制定貨物運輸計劃，進行貨物運輸全過程的質量監督與管理等項工作。
二、貨源組織與管理。貨源是運輸市場中的基本要素，是貨運經營者在市場中競爭的焦點。貨運站通過貨運生產組織與管理，貨源信息和貨流變化規律等資料，及時掌握貨源的分布、流向、流量、流時等特點，實現貨物的合理運輸。貨運站應加強與物資單位聯系、洽商，承攬貨運業務，并協助物資單位選擇合理的運輸方式和運輸線路，簽訂有關運輸合同和運輸協議，為貨運業務的有序運作提供可靠的保證。
三、運力組織與管理。貨運站通過向社會提供貨源、貨流信息，組織各種類型的車輛從事貨物運輸，運用市場機制協調貨源與運力之間的匹配關系，使運力與運量始終保持相對平衡。
四、運行組織與管理。根據貨流特點確定貨運車輛行駛的最佳線路和運行方式，制定運行作業計劃，使貨運車輛有序運轉。
五、參與貨運市場管理。貨運站應協同行業管理部門，通過運輸管理把貨主、貨運經營者和路運輸管理部門機構有機地聯系起來，運用經濟杠桿和有效的管理手段.允分滿足貨主和參營者的需求，促使分散的社會車輛和物流組織化，運輸秩序正常化，能源和資金利用合理化。從而達到管理的目的，使貨物運輸各個環節和儲運、裝卸工具協調靈活地運轉。
貨運站是專門辦現貨運業務或以辦現貨運業務為主的車站。貨運站場是一個交通運輸行業的通俗名稱，泛指貨物集結，待裝運、轉運的場所，規模可大可小，功能也有的完善、有的簡單，沒有嚴格的定義。但是所具備的功能一個都不會少。
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