在政府采購代理活動中，多數(shù)代理機構在制定招標文件時，都非常重視對供應商的資質(zhì)條件、產(chǎn)品的技術參數(shù)以及評分辦法等因素的規(guī)定。但一些代理機構在重視這些內(nèi)容的同時，對付款方式的規(guī)定卻很草率，以致中標供應商確定后，在簽訂合同的過程中，矛盾時有發(fā)生。因此，付款方式理應成為招標文件中的一項重要內(nèi)容。
代理機構從業(yè)人員在制作招標文件時應明確采購款的支付方式和時間，如在工程采購的招標文件中規(guī)定：本合同簽訂并經(jīng)政府采購代理機構見證后支付總合同價的30%;工程竣工驗收合格后支付總合同價的50%;按規(guī)定應交的竣工資料全部交給發(fā)包人后，工程竣工結算審計后付清至合同審計價的95%;留5%作為保修金，兩年保修期滿后一周內(nèi)由采購人一次付清余款，不計息等內(nèi)容。這些內(nèi)容如果不在招標文件中事先明確，采購人和中標人在簽訂合同或是履約的過程中就可能發(fā)生糾紛。進而影響政府采購行為的順利實現(xiàn)。
與此同時，資金的支付程序也應事先明確。據(jù)了解，目前，許多地方都實行了國庫集中支付制度。國庫集中支付也應有一套程序，而目前還有不少供應商對國庫集中支付并不了解。因此，代理機構有必要把支付程序在招標文件中事先明確。有些代理機構在招標文件中是這樣規(guī)定的：每次實行國庫集中支付付款，采購人必須出具書面通知手續(xù);政府采購代理機構憑采購人的書面通知手續(xù)和相關材料(采購合同、驗收報告、發(fā)票復印件等)代為辦理國庫集中支付有關手續(xù)等。這樣的規(guī)定可避免供應商三天兩頭跑到代理機構或者采購單位追要采購資金。
據(jù)了解，在政府采購活動中，部分細心的代理機構還會在在合同價款的規(guī)定中進行一些必要的提醒，如在工程采購中規(guī)定，合同價款中包括施工期間的政策性調(diào)整及市場風險。投標時，投標人應將人工、材料、機械等方面的風險一并考慮后進行報價。
風險范圍以外合同價款結算時不作調(diào)整。設計變更和采購人要求變更的，如圖紙設計變更等原因引起工程量增減，工程造價必須調(diào)整，按如下辦法執(zhí)行：變更引起工程量增減，在投標報價中有與原工程量清單相同的工程項目綜合單價的，結算時執(zhí)行原有的綜合單價;引起工程量增減，在投標報價中沒有與原工程量清單相同的工程項目綜合單價的，結算時按本地的相關計價表執(zhí)行，同時還需參照采購人的標底。