在政府采購代理活動中，多數代理機構在制定招標文件時，都非常重視對供應商的資質條件、產品的技術參數以及評分辦法等因素的規定。但一些代理機構在重視這些內容的同時，對付款方式的規定卻很草率，以致中標供應商確定后，在簽訂合同的過程中，矛盾時有發生。因此，付款方式理應成為招標文件中的一項重要內容。
代理機構從業人員在制作招標文件時應明確采購款的支付方式和時間，如在工程采購的招標文件中規定：本合同簽訂并經政府采購代理機構見證后支付總合同價的30%;工程竣工驗收合格后支付總合同價的50%;按規定應交的竣工資料全部交給發包人后，工程竣工結算審計后付清至合同審計價的95%;留5%作為保修金，兩年保修期滿后一周內由采購人一次付清余款，不計息等內容。這些內容如果不在招標文件中事先明確，采購人和中標人在簽訂合同或是履約的過程中就可能發生糾紛。進而影響政府采購行為的順利實現。
與此同時，資金的支付程序也應事先明確。據了解，目前，許多地方都實行了國庫集中支付制度。國庫集中支付也應有一套程序，而目前還有不少供應商對國庫集中支付并不了解。因此，代理機構有必要把支付程序在招標文件中事先明確。有些代理機構在招標文件中是這樣規定的：每次實行國庫集中支付付款，采購人必須出具書面通知手續;政府采購代理機構憑采購人的書面通知手續和相關材料(采購合同、驗收報告、發票復印件等)代為辦理國庫集中支付有關手續等。這樣的規定可避免供應商三天兩頭跑到代理機構或者采購單位追要采購資金。
據了解，在政府采購活動中，部分細心的代理機構還會在在合同價款的規定中進行一些必要的提醒，如在工程采購中規定，合同價款中包括施工期間的政策性調整及市場風險。投標時，投標人應將人工、材料、機械等方面的風險一并考慮后進行報價。
風險范圍以外合同價款結算時不作調整。設計變更和采購人要求變更的，如圖紙設計變更等原因引起工程量增減，工程造價必須調整，按如下辦法執行：變更引起工程量增減，在投標報價中有與原工程量清單相同的工程項目綜合單價的，結算時執行原有的綜合單價;引起工程量增減，在投標報價中沒有與原工程量清單相同的工程項目綜合單價的，結算時按本地的相關計價表執行，同時還需參照采購人的標底。